平成７年度　委託研究ソフトウェアの 成果ソフトウェア

(21) 膜タンパク質立体構造予測のためのタンパク質判別・二次構造決定システムの開発と公開

研究代表者：美宅 成樹 教授
　　　　　　東京農工大学 工学部 生命工学系

膜タンパク質二次構造予測システムSOSUI


［システム環境］

マシン：WWW利用可能なUNIXマシン

環　境：インターネットに接続し、httpデーモンが起動できる環境
　　　　インタフェースとしてNetscape（2.0以上）

言　語：C言語（計算プログラム）
　　　　HTML言語（グラフィカルユーザーインターフェース）

分　量：50kbyte（Cソース、HTMLソース、GIF画像を含む）

［概　要］

　 　アミノ酸配列から膜タンパク質か否かの判別と二次構造（膜貫通領域）を 予測するシステムである。

［機　能］

　SOSUIは、未知のアミノ酸配列から物理化学的手法を用いて膜タンパク質の 判別及び膜貫通領域を予測するシステムである。これまで膜タンパク質の二次 構造予測はアミノ酸配列の疎水性プロットによる判定がほとんどであった。 しかし従来の方法では、比較的疎水性の低い貫通領域の予測が困難であったり、 また水溶性タンパク質に関しても過剰予測してしまう問題点があった。 SOSUIシステムでは、膜貫通領域を２種類（構造型膜貫通ヘリックス、機能型 膜貫通ヘリックス）に定義し、予測することでこれまでの問題点を大きく改善 できた。これまで解析したタンパク質の予測率は以下の通りである。 

　　膜タンパク質判別予測　　　　　９９％
　　膜貫通存在予測　　　　　　　　９６％
　　膜貫通領域予測　　　　　　　　８５％


　
　また、膜タンパク質以外にも水溶性タンパク質などで連続した疎水性の高い
領域、つまり膜と相互作用する可能性のある部分を予測することもできる。

　このシステムは、インターネット対応（WWW）であるためクライアント側で
利用する分にはマシンやOSの依存性がないのも特徴である。




［sosui.tarの展開後の内容］


  README.j
  README.e
　copyright		著作権氏名　　　　　　　　
　sample.seq　　　　　　例題用アミノ酸配列
　doc/			ドキュメントソース
  man/                  SOSUI解説書(jlatex形式)
　html/			インターフェースソース（HTML言語）
　gif/			インターフェース画像（GIF形式）
　src/			計算プログラム（C言語）
　script/		計算プログラム実行スクリプト




［関連ページ］





［ＦＴＰ］










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