(21) 膜タンパク質立体構造予測のためのタンパク質判別・二次構造決定システムの開発と公開

本調査研究では、計算機上で物理的相互作用の計算を基にして、膜タンパク質 の立体構造予測法を確立することを目的としている。アミノ酸配列から最終的 な立体構造をまで予測するシステムの中で、前半部分にあたる疎水性相互作用 によるタンパク質の判別と二次構造決定をできるだけ高精度に行うソフトウェ アシステム「SOSUI」を開発し、ＩＣＯＴフリーソフトとして提供する。具体 的には、生体膜が非常に疎水的な環境であることを考え、疎水性相互作用を基 とした、（１）アミノ酸配列が生体膜と相互作用するか否かを判別（膜タンパ ク質判別）するモジュール（２）実際にアミノ酸配列のどの部分が膜内に埋め 込まれているかを詳細に予測するモジュールを構築する計画である。