平成7年度 委託研究ソフトウェアの 成果ソフトウェア

(21) 膜タンパク質立体構造予測のためのタンパク質判別・二次構造決定システムの開発と公開

研究代表者:美宅 成樹 教授
      東京農工大学 工学部 生命工学系


膜タンパク質二次構造予測システムSOSUI
-- 例題と結果 --


Copyright(C)1996 Shigeki Mitaku

[例題]

[結果]

SOSUI Result



Query title : BACTERIORHODOPSIN+PRECURSOR D A

Query sequence :

1 MLELLPTAVEGVSQAQITGRPEWIWLALGT
31 ALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITT
61 LVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNP
91 IYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGT
121 ILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVW
151 WAISTAAMLYILYVLFFGFTSKAESMRPEV
181 ASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAG
211 IVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSR
241 AIFGEAEAPEPSAGDGAAATSD


Total length : 262 A. A.

Average of hydrophobisity : 0.722519



This amino acid sequence is of MEMBRANE PROTEIN
which have 7 transmembrane helices.

No.N terminaltransmembrane regionC terminaltypelength<H>
126LALGTALMGLGTLYFLVKGMGV47Structure22 1.56
257AITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMV82Structure26 1.67
394ARYADWLFTTPLLLLDLALLVD115Function22 1.08
4121ILALVGADGIMIGTGLVGALTKVY144Structure24 1.59
5149VWWAISTAAMLYILYVLFFGFT170Structure22 1.79
6189NVTVVLWSAYPVVWLIGSEG208Function20 1.06
7214LNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLR238Function25 1.51