ICOTで開発されたPIMのOSであるPIMOSではいったんプログラムをロードすると、 ちょうどPrologインタープリターのようにプログラム内で定義した述語をシェル から呼び出すことができた。 DeepForest 1.0ではこのシェルに似せた環境を DeepForest Shell Environmentとして提供した。
これはDeepForest内で定義された述語を、簡単なスクリプトを使って呼び出すこ とのできる一種のインタープリターである。現バージョンでは新しい述語を DeepForest Shell Environmentの中で定義することはでないが、KL1/KLICの特徴 であるConcurrencyはこのシェルの中でもそのまま継承されている。別の言い方 をすると、KL1プログラムの節をひとつだけスクリプトとして書くことができる。 またプラグマによる実行の制御も可能である。
具体的には DeepForest 1.0は、HTMLで書かれたドキュメントから呼び出さ れるCGIプログラムである。ユーザーがスクリプト(文法は基本的にKL1と同じ)を 書き込むとインタープリターがそれを解釈して DeepForst内で定義された 述語を呼び出す(図1)。すべての述語ついて即座に実行可能な例文を掲載した(これが ``Live document''の由来)。また，塩基配列やアミノ酸配列の進化のシミュレー ションのようなアプリケーション・プログラムも，CGIを用いたインターフェー スによって使うことができる。この場合はスクリプトの代わりにデータファイル を入力することになる。
図 1: DeepForest can be controlled by giving a simple script.
以下に DeepForest 1.0の提供するモジュールを示す。
nj The neighbor joining method.
traverse The maximum likelihood method (for amino acids).
traversen The maximum likelihood method (for nucleotides).
ancestor Inference of ancestral sequences.
dismat Computation and operation of distance matrix.
format Format of sequence data file.
list Operation of list data.
otermio Extended Input/Output for prolog-like terms.
sim Simulation (for amino acids).
simn Simulation (for nucleotides).
string Operation of strings.
seq Operation of sequence data (1).
seq2 Operation of sequence data (2).
tree Operation of tree structure data.
probability Computation of probabilities.
以下に， DeepForest 1.0の提供する代表的な述語を示す。
nj:nj/4 Reconstruction of trees by the neighbor joining method from a given sequence set
traversetraverse/4 Optimization of branch lengths in terms of the maximum likelihood (for amino acids)
traverse:convert_tree/2 Conversion of branch lengths in a tree from substitutions per site to a probability (for amino acids)
traverse:clike/8 Computation of conditional likelihood (for amino acids)
ancestor:ancestor/3 Inference an ancestral sequence of amino acids
sim:sim/5 Simulation of evolution using a model tree (for amino acids)
seq2:get_seqs2 Getting sequences of multiple aligned sequence file by ClustalW
probability:poisson/3 Computation of a term of Poisson distribution