| 平成８年度 委託研究ソフトウェアの 成果ソフトウェア |
現在実現されているDeepForestの機能は、アミノ酸配列を用いいた分子進化系 統樹の作成(推定)である。DeepForestの最尤法をベースとした系統樹の作成プ ログラムは、並列論理型言語であるKL1(KLIC)を用い、基本的に並列環境で動 作することを前提に書かれてある。基本的なアルゴリズムは、系統樹のすべて の枝を横断的に変化させることにより、最尤値を与えるような枝長の組み合わ せを探索するFelsenstein (1981)のものである。また、枝刈りアルゴリズムを ほぼ忠実に実装してある(次のリリースで完全な実装を実現する予定)。 実際のデータ解析に有用な述語のセットを用意し、ユーザーの便宜をはかって いる。これらの述語を用いて、樹形の生成、データ・フォーマットの変換、文 献データベースの生成、そして確率計算などを行うことができる。
逐次実行版では、原理的に、KLICが実装してあれば、ほとんどのUNIXベースの OS上で実行できるはずである。実際に動作を確認した環境は以下の通り。 Fujitsu S-4/20L Solaris 2.3/2.4/2.5 Sun SparcStation IPX Sun OS 4.1.2 Macintosh Duo 280c MacOS 7.5.1+MachTen 2.2 また、分散メモリ並列実行版では、KLIC以外にPVMの実装が必要である。実際 に動作を確認した環境は以下の通り。ただし、本ソフトウェアに含まれるパッ チをあてる必要がある。 Fujitsu S-4/20L Solaris 2.3/2.4/2.5 共有メモリ並列実行版では、以下の機種で動作を確認した。ただし、本ソフト ウェアに含まれるパッチをあてる必要がある。 Cray CS6400 上記のふたつのパッチは近山 隆先生(chikayama@logos.t.u-tokyo.ac.jp)の厚 意による。
df.tar.gzには以下のファイルが含まれる(*.kl1:ソース、*.com:コンパイル用 シェルスクリプト、*.doc:ドキュメント、その他:パッチ)。 drwxr-xr-x101/60001 0 May 19 16:30 1997 ./df/ -rw-r--r--101/60001 2090 May 19 16:18 1997 ./df/DeepForest.e.doc drwxr-xr-x101/60001 0 May 19 15:54 1997 ./df/src/ -rw-r--r--101/60001 2234 Jul 30 23:42 1996 ./df/src/print_sequences.kl1 -rwxr-xr-x101/60001 71 Jul 30 23:41 1996 ./df/src/print_sequences.com -rwxr-xr-x101/60001 756 Mar 21 14:13 1997 ./df/src/make_ph drwxr-xr-x101/60001 0 May 19 16:13 1997 ./df/src/patch/ -rw-r--r--101/60001 71647 May 19 16:12 1997 ./df/src/patch/shared.gfloat.sh -rw-r--r--101/60001 9716 Jun 21 12:30 1996 ./df/src/patch/gfloat.c -rw-r--r--101/60001 6817 May 19 15:01 1997 ./df/src/ancestor.kl1 -rw-r--r--101/60001 1998 May 19 15:01 1997 ./df/src/beautify.kl1 -rw-r--r--101/60001 1523 May 19 15:01 1997 ./df/src/consensus.kl1 -rw-r--r--101/60001 12309 May 19 15:01 1997 ./df/src/curvature.kl1 -rw-r--r--101/60001 5130 May 19 15:01 1997 ./df/src/dX.kl1 -rw-r--r--101/60001 1840 May 19 15:01 1997 ./df/src/divide.kl1 -rw-r--r--101/60001 2680 May 19 15:01 1997 ./df/src/dot_matrix.kl1 -rw-r--r--101/60001 1967 May 19 15:01 1997 ./df/src/extract_author.kl1 -rw-r--r--101/60001 4567 May 19 15:01 1997 ./df/src/extract_fields.kl1 -rw-r--r--101/60001 713 May 19 15:01 1997 ./df/src/factorial.kl1 -rw-r--r--101/60001 1436 May 19 15:01 1997 ./df/src/float.kl1 -rw-r--r--101/60001 3087 May 19 15:01 1997 ./df/src/format.kl1 -rw-r--r--101/60001 4646 May 19 15:01 1997 ./df/src/fx.kl1 -rw-r--r--101/60001 11650 May 19 15:01 1997 ./df/src/get_seq.kl1 -rw-r--r--101/60001 472 May 19 15:01 1997 ./df/src/int.kl1 -rw-r--r--101/60001 2636 May 19 15:01 1997 ./df/src/interleave.kl1 -rw-r--r--101/60001 467 May 19 15:01 1997 ./df/src/invert.kl1 -rw-r--r--101/60001 565 May 19 15:01 1997 ./df/src/lines2string.kl1 -rw-r--r--101/60001 3361 May 19 15:01 1997 ./df/src/list.kl1 -rw-r--r--101/60001 6947 May 19 15:01 1997 ./df/src/log_like.kl1 -rw-r--r--101/60001 24531 May 19 15:01 1997 ./df/src/make_bib.kl1 -rw-r--r--101/60001 5672 May 19 15:01 1997 ./df/src/make_destbl.kl1 -rw-r--r--101/60001 9488 May 19 15:01 1997 ./df/src/make_gap_matrix.kl1 -rw-r--r--101/60001 3671 May 19 15:01 1997 ./df/src/make_records.kl1 -rw-r--r--101/60001 10634 May 19 15:01 1997 ./df/src/make_seq.kl1 -rw-r--r--101/60001 2278 May 19 15:01 1997 ./df/src/matrix.kl1 -rw-r--r--101/60001 10519 May 19 15:01 1997 ./df/src/newton.kl1 -rw-r--r--101/60001 11551 May 19 15:01 1997 ./df/src/plot_like.kl1 -rw-r--r--101/60001 2099 May 19 15:01 1997 ./df/src/probability.kl1 -rw-r--r--101/60001 4631 May 19 15:01 1997 ./df/src/remove_gap_site.kl1 -rw-r--r--101/60001 5835 May 19 15:01 1997 ./df/src/search_str.kl1 -rw-r--r--101/60001 6513 May 19 15:01 1997 ./df/src/synonymous.kl1 -rw-r--r--101/60001 3931 May 19 15:01 1997 ./df/src/termio.kl1 -rw-r--r--101/60001 11794 May 19 15:01 1997 ./df/src/tree.kl1 -rw-r--r--101/60001 1951 May 19 15:01 1997 ./df/src/test_tra.kl1 -rw-r--r--101/60001 54768 May 19 15:01 1997 ./df/src/traverse.1.0.kl1 -rw-r--r--101/60001 54956 May 19 15:01 1997 ./df/src/traverse.kl1 -rwxr-xr-x101/60001 40 May 19 15:04 1997 ./df/src/ancestor.com -rwxr-xr-x101/60001 57 May 19 15:04 1997 ./df/src/beautify.com -rwxr-xr-x101/60001 59 May 19 15:04 1997 ./df/src/consensus.com -rwxr-xr-x101/60001 87 May 19 15:04 1997 ./df/src/curvature.com -rwxr-xr-x101/60001 64 May 19 15:04 1997 ./df/src/dot_matrix.com -rwxr-xr-x101/60001 80 May 19 15:04 1997 ./df/src/extract_fields.com -rwxr-xr-x101/60001 69 May 19 15:04 1997 ./df/src/format.com -rwxr-xr-x101/60001 72 May 19 15:04 1997 ./df/src/fx.com -rwxr-xr-x101/60001 72 May 19 15:04 1997 ./df/src/get_seq.com -rwxr-xr-x101/60001 61 May 19 15:04 1997 ./df/src/interleave.com -rwxrwxr-x101/60001 45 May 19 15:04 1997 ./df/src/invert.com -rwxr-xr-x101/60001 65 May 19 15:04 1997 ./df/src/lines2string.com -rwxr-xr-x101/60001 200 May 19 15:04 1997 ./df/src/log_like.com -rwxr-xr-x101/60001 72 May 19 15:04 1997 ./df/src/make_bib.com -rwxr-xr-x101/60001 63 May 19 15:04 1997 ./df/src/make_destbl.com -rwxr-xr-x101/60001 97 May 19 15:05 1997 ./df/src/make_gap_matrix.com -rwxr-xr-x101/60001 51 May 19 15:05 1997 ./df/src/make_records.com -rwxr-xr-x101/60001 83 May 19 15:05 1997 ./df/src/make_seq.com -rwxr-xr-x101/60001 81 May 19 15:05 1997 ./df/src/newton.com -rwxr-xr-x101/60001 87 May 19 15:05 1997 ./df/src/plot_like.com -rwxr-xr-x101/60001 89 May 19 15:05 1997 ./df/src/remove_gap_site.com -rwxr-xr-x101/60001 46 May 19 15:05 1997 ./df/src/synonymous.com -rwxr-xr-x101/60001 209 May 19 15:05 1997 ./df/src/test_tra.1.0.com -rwxr-xr-x101/60001 201 May 19 15:05 1997 ./df/src/test_tra.com -rw-r--r--101/60001 2090 May 19 16:18 1997 ./df/DeepForest.j.doc
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