本研究の目的は、分子進化学のための柔軟な解析ソフトウェア DeepForest のドキュメントの拡充と DeepForest自体の機能拡張である。したがって、 タイトルは「並列論理型言語を用いた最尤法による分子進化系統樹作成プログラ ムに関する研究」となっているが、実際にはより広い応用を視野に置いた研究を 進めている。
分子進化学とは、分子レベルで見た生命の「過去における状態の推定」であり、 また「過去の再構築」を行なう学問である。伝統的な進化学においては、生物 の形態的な変化のみから、生命の歴史を推定していた。一方、分子進化学にお いては、分子レベルで生命がいかに進化してきたかを、主に現生の生物の知見 から推定を行なおうとする。具体的にはある特定の分子のアミノ酸配列やその 遺伝子の配列、あるいはRNAの配列などを用いる。したがって、分子進化学は 分子生物学と密接な関係を持っている。
進化学は、未だ断片的な知見にとどまっている生物学的知識を統合するための重 要な鍵であると言うことができる。従来の意味での生物学的知識とは、いわば縦 糸である。我々は進化学的見地という横糸を張って初めて、生物学を博物学のく びきから解き放つことができるのではないだろうか。
例えば、分子進化学における分子進化系統樹とは、生命がいかに進化してきたか を分子レベルで表現した系統樹である。古典的な意味での系統樹は、生物の表現 型（つまり形態）の変化を化石資料などをもとに推定して得られたものであった。 したがって、この方法論には、基準となるべき客観的な尺度が必ずしもあるわけ ではなかった。一方、分子生物学の発展にともない、我々は生命の設計図である 遺伝情報を容易に手に入れることができるようになった。この離散的な遺伝情報 を使えば生命の進化を分子レベルで調べることができる。分子進化系統樹はその ための強力な表現手段である。
今日まで数多くの遺伝子情報解析プログラムが開発されてきた。しかし、従来の 分子進化学における解析プログラムは、いわゆるパッケージ・プログラムであり、 手軽である半面ユーザー一人一人が持つ独自の問題には簡単に対応することはで きない。ここで我々が開発した DeepForestは、解析環境とでもいうべきも ので、柔軟に分子進化学研究を支援するための一種の言語である。