上記のアルゴリズムをインターネットを介して一般に公開することを目的とした 膜タンパク質判別および二次構造予測システム「SOSUI」を開発した。SOSUIは、 Netscape等のWWWブラウザ環境であれば、誰でも手軽に利用することができる(図１)。 ユーザーは、入力フォームに問い合わせのアミノ酸配列(一文字表記)をペーストし、 実行ボタンによってデータを送信するだけで、解析を行うことが出来る。
出力される主な情報は、以下の通りである。
(１)アミノ酸配列の全体の平均疎水性値(Kyte&Doolittle指標より計算)
(２)膜タンパク質か否かの判別結果
(３)膜タンパク質であれば、膜貫通領域の本数と実際の領域および膜貫通ヘリックスの
特徴(構造型、機能型、膜貫通領域の平均疎水性値)
(４)膜貫通ヘリックス以外の特徴的なセグメントの本数と領域
今後は、さらにユーザーの要望に応じて膜貫通ヘリックス予測の過程や計算のログの 情報も出力できるように改良していく予定である。またパワーユーザーに対しては、 大量のアミノ酸配列を一括して解析できる機能を持ったクライアント＆サーバー用の SOSUIも開発して行く予定である。
