ソフトウェアとしての成果

上記のアルゴリズムをインターネットを介して一般に公開することを目的とし た膜タンパク質判別および二次構造予測システム「SOSUI」を開発した。SOSUI は、Netscape等のWWWブラウザ環境であれば、誰でも手軽に利用することがで きる(図１)。ユーザーは、入力フォームに問い合わせのアミノ酸配列(一文字 表記)をペーストし、実行ボタンによってデータを送信するだけで、解析を行 うことが出来る。

出力される主な情報は、以下の通りである。

1. アミノ酸配列の全体の平均疎水性値(Kyte&Doolittle指標より計算)
2. 膜タンパク質か否かの判別結果
3. 膜タンパク質であれば、膜貫通領域の本数と実際の領域および膜貫通ヘリッ クスの特徴(構造型、機能型、膜貫通領域の平均疎水性値)
4. 膜貫通ヘリックス以外の特徴的なセグメントの本数と領域

今後は、さらにユーザーの要望に応じて膜貫通ヘリックス予測の過程や計算の ログの情報も出力できるように改良していく予定である。またパワーユーザー に対しては、大量のアミノ酸配列を一括して解析できる機能を持ったクライア ント＆サーバー用のSOSUIも開発して行く予定である。

図１ インターネット版「SOSUI」システム：入力画面（右）及び出力画面（左）