アライメントのスコアが改良されなくなるとアライメントは終了します。
この最終結果では1〜10列目や34列目付近ではスコアの高いカラムが連続しています。この部分は生物学的に重要な部分であることが予測されます。
このように、アライメントを行なった結果からモチーフ領域を予測したり生物間の近遠性を調べることができます。
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