アライメントをが進むと、初期に挿入したギャップの中で多く連続しているギャップが取り除かれていきます。ギャップが数多く入っているものはスコアの点でも生物学的な意味においても良質のアライメントとはいえないからです。
この過程で画面中央のの40列目付近では縦に「
K
」が揃っていきます。