18.DeepForest

［目次］

1. ブラッシュアップ対象ソフトウェア名称
2. 体制／方法
3. 想定されるブラッシュアップ成果

［ブラッシュアップ対象ソフトウェア名称］

• DeepForest

［体制／方法］

(1) 体制

	氏名	所属
研究代表者	斎藤成也	遺伝研
研究協力者	太田聡史	遺伝研

(2) ブラッシュアップの方法

DeepForestの実質的な開発者である研究協力者の太田聡史が，ワークステーションを用いてDeepForestの操作説明書や例題集を拡充する。

［想定されるブラッシュアップ成果］

1. ブラッシュアップ項目

   • 操作説明書や例題集の拡充

     分子進化的解析システムDeepForestは、基本的にはKL1のモジュールを集めたライブラリであり、その機能や引数の型やデータ構造などに関する情報が重要である。しかし開発時の時間的制約からすべてのモジュールについて、必要な情報をドキュメントに盛り込めたわけではなかった。したがって、現時点ではあらかじめ定義された述語を完全なブラックボックスとしてプログラミングに使えるわけではない。特に例題に関しては、KL1のプログラミング手法に踏み込む必要もあるため、ごく簡単なデータ解析の例しか示していない。現在のドキュメントはLaTeXファイルで15Kバイト程度であるが、この約2倍程度の量で、提供されるすべての述語についてその説明と例題を盛り込む。

2. 上記のブラッシュアップによるユーザの立場からみた改善点

   分子進化的解析システムDeepForestで提供されたモジュールを使ってプログラミングをする場合、利用者はあらかじめ定義された述語の内容を知る必要がなくなる。つまり、完全なライブラリ集としてDeepForestを使えるようになる。また例題集には簡単なKL1のプログラムを含めるようにするため、利用者がKL1の知識を持っていなくても、簡単なアプリケーションプログラムを自力で作れるようになる。

3. 上記のブラッシュアップ以外のソフトウェア機能の改良

   分子進化的解析システムDeepForestはAITECへの納品後もその機能を拡張しつつある。拡張された機能の代表的なものは、系統樹の重層(superimposition)、進化のシミュレーション、新規に開発された系統樹推定法などである。これらを一般の利用者が使えるよう整備して、DeepForestに盛り込む。また、新たに開発されたモジュールを使ったアプリケーションプログラムも提供する。