タンパク質データベース統合利用環境

タンパク質に関するデータベースを一つのデータベースシステムとして
Kappa-P上に格納し、ユーザインタフェースのレベルでの統合環境を実現した。

目的

分子生物学のデータベースに適したDBMSの提供
視覚化し統合化したタンパク質データベースシステムの提供
Kappa-Pの評価のための応用システムの提供


構成

Kappa-Pにタンパク質の配列(PIR)・構造(PDB)・特徴(ProSite)の各デー
タベースを格納した。特徴表示に関してはXウィンドウ上に統合的なグラフィッ
クユーザインタフェース(GUI)を用意し、RPCを介してKappa-Pに質問を対
話的に発行できるようにした。Kappa-Pの並列検索用のフィルタとしてモチー
フ検索プログラムを指定し、GUIから起動できるようにした。




 逐次 DBMS Kappa



 並列DBMS Kappa-P

質問処理における Kappa-P の構成 


評価

既存の公共データベースに適したデータモデル
特徴記述に関するテーブルの属性の階層的な構造は非正規関係表現によって
自然に表現できる。タンパク質の名称、分類などに関する静的な部分と生物


					- 78 -